Geboren 1972 in Mecklenburg. Ausbildung an der Hochschule für Schauspielkunst „Ernst Busch“ Berlin. Er spielte am Schauspiel Frankfurt, am TAT Frankfurt, an der Schaubühne in Berlin, am Schauspielhaus Zürich sowie am Schauspiel Köln und arbeitete u. a. mit Tom Kühnel, Robert Schuster, Christian Tschirner, Roland Schimmelpfennig, Jürgen Gosch, Karin Beier, Karin Henkel und Herbert Fritsch zusammen. Zudem ist Charly Hübner regelmäßig in Film- und Fernsehproduktionen zu sehen.
Einem breiten Publikum wurde er 2006 durch seine Rolle in dem Oscar-prämierten Film »Das Leben der Anderen« bekannt. Seit 2010 ermittelt er als Kommissar Bukow in den Rostocker »Polizeiruf-110«-Folgen des NDR, die für den Grimme-Preis nominiert waren und für die Charly Hübner 2013 den Bayerischen Fernsehpreis erhielt.
Für seine Darstellung in dem TV-Drama »Unter Nachbarn« wurde er 2013 als „Bester deutscher Schauspieler“ mit der Goldenen Kamera ausgezeichnet. 2015 erhielt er den Grimme-Preis für »Bornholmer Straße«.
Für seine Rollen in »Onkel Wanja« und »Schuld und Sühne« am Deutschen SchauSpielHaus wurde er 2015 mit dem Gertrud-Eysoldt-Ring geehrt.